Следует разделить эти методы на применяемые во время захвата и после него.

Основной способ борьбы с десинхронизацией звука и видео во время захвата - контроль частоты кадров видеопотока в соответствии с длительностью аудиопотока. Если аудио убегает вперед, то стоит ему убежать на время, большее промежутка между соседними кадрами, как в видеопоток добавляется "лишний" кадр. Если звук отстает, то стоит ему отстать на время, большее промежутка между соседними кадрами, как очередной кадр отбрасывается без вставления заглушки. Эти простые действия гарантируют синхронность потоков в любой ситуации.

Однако описанный метод не лишен недостатков - при нем не сохраняется плавность движений исходного видео, а также может теряться часть видеоинформации. Поэтому лучшим вариантом было бы воздействие на звуковой поток, что невозможно делать во время захвата - отбрасывание кусков или дополнение тишиной звуковой информации неизбежно приведет к слышимым искажениям.

Если захват производился без контроля синхронности по аудиопотоку, то длины захваченных видео- и аудио- потоков не будут совпадать. Для восстановления синхронности потоков можно воспользоваться двумя разными методами:

Изменить частоту кадров видеопотока так, чтобы его длительность совпала с длительностью аудиопотока. Этот метод прекрасно подходит для случаев, когда оцифрованное видео планируется просматривать только на компьютере. При нем сохраняется плавность движений, и используются все кадры аналогового источника. Но использовать такие файлы для вывода информации на аналоговый видеовыход или для компрессии в стандарты MPEG будет невозможно из-за несоответствия частоты кадров видеопотока стандартным (25 для PAL/SECAM и 30 для NTSC).
Изменить в звуковом редакторе длительность аудиопотока так, чтобы она совпала с длительностью видеопотока. Для этого потребуется записать звуковой поток в отдельный файл, в звуковом редакторе растянуть/сжать его до длительности видеопотока, и снова слить потоки в один файл.
Когда десинхронизация потоков вызвана отбрасыванием части аудиоинформации, восстановить синхронность гораздо сложнее. Для этого придется разбивать файл на куски, разрезая в местах отбрасывания звука, и для каждого куска вручную подбирать время, на которое необходимо задержать/растянуть/сжать звуковой поток.