Приступать к работе надо прежде всего с настройки самого АЕ(After Effects) Достаточно проделать это один раз.
Определись для чего ты создаешь проект, если для ТВ то настройки следующие.
1. File->Project Setting или ctrl+shift+alt+k
Timecode Base -> 25 fps
Color Depth 8 bits per channal (можно и 16 но не все плаги поддерживают)

2. Edit->Preferences->General
Levels Undo 10 (меньше памяти будет расходоваться)

следующая закладка Previews
3. Previews отключи OpenGL , частенько глюки происходят из за него, зависит от твоей видеокарточки.

4.следующая закладка Display без изменений
5.следующая закладка Import
Sequence Fotage 25 иначе импортированные файлы не будут совпадать по длине

6. следующие 4 закладки без изменений (это Output, Grids&Guides, Label Colors и Label Defaults)
7. следующая закладка Memory & Cache
Maximum memory usage 95%
MAximum RAM Cache Size от 60 до 90%
Остальные можно оставить без изменений

Теперь можно создавать композицию
Composition->New Composition или Ctrl+N
Лучше воспользоваться пресетом
Preset: PAL D1/DV 720x576
Resolution -> Full
и установить длину композиции например 15 секунд
Duration -> 0:00:15:00

В окно проекта загружаем нужные файлы (по двойному клику мышки или Ctrl+I) и кидаем их на таймлайн.
После этого можно приступать к творчеству. Этот процесс сугубо интимный поэтому коментарии излишни.
Далее когда закончатся творческие потуги, и у Вас появится желание вывести это все в авишку.

Для этого находясь в окне Таймлайна или окне композиции жмем Ctrl+Shift+/
или через меню Composition->Add To Render Queue
Кликаем на Render Settings

Qualitu->Best
Resolution->Full
Fiel Render (просчитывать в полях) Здесь надо обязательно прочитать что такое поля на ТВ. Поиск по форумам даст тебе исчерпывающий ответ.
В кратце если свое творчество будешь смотреть на компьютере, то поля не нужны, т.е. Fiel Render->off
если всетаки задумаешь просмотреть на телевизоре, то надо устанавливать поля. они зависят от железа, через которое будешь проигрывать. Платы типа Матрокса работают с верзним полем т.е. Fiel Render->Upper Field First
Если видео будешь выводить через порт 1394 (многие платы тоже работают с нижним полем см описалово к платам) то ставь нижнее поле Fiel Render->Lower Field First
Остальные пункты диалога можно оставить по умолчанию или поставить Current Settings

Жмем ОК и переходим к следующей настройке Output Module
Format Распахиваешь менюшку и выбираешь то что тебе необходимио, например Video for Windows
после этого настраиваешь Format Options

В Compressor выбираешь нужный кодек например Microsoft DV (или кодек той железяки с которой будешь сгонять видео) Не забывай настроить кодек кнопочкой Configure...
Если в композиции присутствуют звуковые файлы, то ставишь галочку на против Audio Output

Жмем ОК и переходим к следующей настройке Output To...
Здесь совсем все просто выбираешь путь , папочку и имя файла в который будет считаться твоя композиция.

И самая главная кнопка Render жмешь ее и идешь курить, пить кофе так как процесс рендеринга обычно занимает очень много времени, иногда успеваешь даже выспаться.

В двух шагах объяснить не удалось, но ответ исчерпывающий который предотвращает многие ошибки.

Не затронутым остался вопрос про импорт авишек и интерпретации их полей, а также изменение у ТГАшек канала прозрачности(alpha channal) это всегда можно исправить после импорта файла в окне проекта щелкаем правой кнопкой мышки на нужном файле и выбираем пункт
Interpretet Footage->Main или Ctrl+F

Информация взята с сайта